如禅宗要集六祖坛经，敦煌发现的首位完整的写本较传世的宋元刻本内容要少，当是靠近慧能原本，而现存最早的慧昕本实际是据此本扩充改编而成。
梁阮孝绪479536说“魏晋之世，文籍逾广，皆藏在秘书，中外三阁。魏秘书郎郑默删定旧文，时之论者谓为朱紫有别。
晋领秘书监荀勖，因魏中经，更著新簿，虽分为十有余卷，而总以四部别之。”七略搜集宋齐以来各家藏书目七略七志等，并与官修目录文德殿书目参校，总集众家而成。诸子类归属于子兵录道家，宋尤袤遂初堂书目著录有七录，说明南宋时此书仍有见存于世者。今仅有七录序流传至今。
南朝藏书家多有藏书目录。南朝梁任昉编成了最早的私人藏书目录。梁书卷十四任昉传“昉坟籍无所不见，家虽贫，聚书至万余卷，率多异本。昉卒，高祖使学士贺纵共沈约勘其书目，官所无者，就昉家取之。”
七录序“凡自宋齐以来，王公缙绅之馆，苟能蓄聚坟籍，必思致其名簿。”古籍文献的流传，无论内容或形态均不免发生一些变化。汉书艺文志中著录的书籍，到梁代阮孝绪编定七录的时候已经亡佚了552家，仅存44家。
即使史记，西汉时已有缺佚，汉元帝，汉成帝时博士褚少孙曾补撰，班固修汉书时“十篇缺，有录无书”。
史记及诗经这种流传有绪的重要典籍，尚且会发生散佚，可以推知，散佚文献之量绝非小数。所以马端临文献通考经籍考序“汉、隋、唐、宋之史，皆有艺文志，然汉志所载之书，以隋志考之，十已亡其六七；以宋志考之，隋、唐亦复如是。”先秦古籍保存至今的，不到原有的百分之一。
辩古说之真妄者，孟子发其端，王充畅其绪，至唐刘知几为史通，有疑古惑经二篇。清崔述著考信录，竟谓战国、秦、汉之书皆不可信矣。今考诸子学说，自前汉刘父子作别录七略，已辩及子书之真伪。
其所谓依托者，必古人有此学说，而后人传之口耳而著录之。如孔子春秋之说，口授子夏，子夏亦口传与公羊高，又四传至汉景帝时，公羊寿乃共弟子胡毋子都著于竹帛，是也。前清末叶，习训诂学者，奉尔雅为圣经；习今文学者，守公羊为宝典。
独至诸子之出于依托或增加者，则群斥为伪书。文史通义诗教上章学诚“不知古初无著述，而战国始以竹帛代口耳，实非有所伪托也。
关于古籍结构的演变，李零简帛古书与学术源流做过形象的比喻，“战国秦汉的古书像气体，种类和卷篇构成同后世差距很大；隋唐古书好像液体，虽然还不太稳定，但种类和构成渐趋统一；宋以后的古书则是固体，一切定型，变化多属誊写或翻刻之误”。
诸子书。
熊铁基在刘向校书详析说后世流传乃至我们今日看到的西汉及其以前的古书，其篇章、文字甚至某些书名都是刘向他们校定的。当时几乎所有的图书都经过了他们的理解、认定乃至改造，当然免不了打上时代的烙印。
但是长期以来这一点未得到充分认识，以为后世乃至今日所读的先秦古籍就是原来的样子，这就难免产生这样那样的误解，得出与历史真实不符的结论。历代学者中有不少人发现了一些问题，于是产生疑、辨，因而有指伪之作。从现存的书录及有关记载看，有的书完全是新编定的。如列子书录可见刘向完全新编了一部列子书。
黄爱平在中国历史文献学第八章先秦至两汉历史文献学的起源及奠基时期〈百家争鸣与诸子文献〉中说先秦诸子据汉书艺文志“诸子略”中的记载有“诸子百八十九家，四千三百二十四篇”。
而经过历史发展，尤其是秦汉以后，随着儒家学说主导地位的确立，诸子思想被视为异端，其著作也大多湮没不传。流传至今的只有20余种，如孟子老子庄子墨子管子文子列子尹文子韩非子吕氏春秋等。
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